A Debrecen városától nyugatra elterülő hatalmas, jó legelő füvű pusztán mindig is volt szilaj legeltetéses állattartás. Ebből a hatalmas területből majdnem 25.000 hektár legelő Debrecen város tulajdonában állt. Ezen a területen a lótenyésztés megindulását az első írásos dokumentum alapján 1671-re datálják, ekkortól számítjuk a Hortobágyi lótenyésztés megindulását.
A hortobágyi ménesben Debrecen város lovait tartották. A ménest a város és a város gazdaközössége tartotta fenn. 1700-ban már „ménespásztort” is fogadtak a méneshez, és külön legelőt kaptak a lovak. 1727-ben már a „szakkörök” is említik a Hortobágyon található ménest, de állandó volt a változás. Járványok is gyakran tizedelték a ménes lovait. A szakszerűtlen tartás miatt leromlott, fejlődésképtelenné vált ménest 1751-ben eladták.
1771-ben új ménest létesítettek vásárlás útján, amely ménes Ohatra került. Egy 1791-es feljegyzés szerint a „város tőkeménese szép és jó hasznot hajt”.
A 1824-es ménesszemle újbóli állományromlásról tesz említést, amely után egy 1837-es rendeletben utasítják a ménest, hogy nemesebb noniusz lovakból álló ménest köteles fenntartani. 1843-ban a város 6 db noniusz kancát hoz Mezőhegyesről, majd az 1850-es évektől a mének is a noniusz fajta egyedeiből kerülnek ki, szintén a mezőhegyesi állományból.
A bécsi udvar lótenyésztési előírásait, amelyek máig helytállóak, a Debrecen városi ménes csak 1885 után írja elő kötelezően betartandónak a mindennapi munka során. Ebben az időszakban kerül a ménes Ohatról Mátára. A különböző állattenyésztési kiállításokon jobbnál jobb eredményeket érnek el a hortobágyi ménes lovai. A noniusz fajta hortobágyi megjelenésével a szakma elégedetten nyilatkozik; a szakszerű, céltudatos és jövőbe tekintő tenyésztői munkának meglett az eredménye.
Ebben az időben lett a ménes szaktanácsadója Kozma Ferenc, a nagy magyar hippológus, akinek munkája és szakértelme nyomán tovább virágzik a ménes. Az 1900. évi párizsi világkiállításon a Nonius XXXVI aranyérmet nyer, és az „ideális ló” címet is elnyeri.
Az első világháború veszteségeit kiheverve, 1929-ben már az ország egyik legjelesebb noniusz irányú tenyészetéről ír a szaksajtó. Ehhez azonban szükség volt az állam segítségére is, mert az 1928-as gazdasági veszteségek tönkretették volna a ménest. Ekkor alakult ki az állami méntelep és a Hortobágyi ménes kapcsolata.
1944-ben a háborús események a Várostanyán érik a ménest, ahol sok ló elkallódik, de a megmaradt, és visszakapott lovakkal újraindult a tenyésztés Mátán, a ma is kiváló állapotban lévő, 1941-ben épült törzsépületben.
1948-tól a ménes a Hortobágyi Állami Gazdasághoz került, ezzel megszűnt Debrecen város ménese lenni a hortobágyi lóállomány.
1950-ben kezdik megépíteni az akkor igen modernnek számító kungyörgyi méncsikó telepet. A telep 1967-ig működött a méncsikók nevelése érdekében. A lovak helyét juhok váltották fel, a méncsikók Mátára költöztek.
Az 1990-92 közötti években folyamatos átalakulás zajlik, a ménes az Epona Kft. tulajdonába kerül. A Kft. építi meg a ménes mellett elterülő Mátai lovas falut.
- december 1-jén az Epona Kft. eladta a vegyes lóállományú ménest, és vele együtt a ménes fenntartásához szükséges épületeket és eszközöket a Hortobágyi Nemzeti Park Igazgatóságának.
- december 11-én a HNP Igazgatósága a vagyonkezelésében lévő ménest átadja egy együttműködési célú szerződésben, természetvédelmi célú működésre a Hortobágyi Természetvédelmi és Génmegőrző Kht-nak.
Jelenleg a ménes fenntartója a Hortobágyi Természetvédelmi és Génmegőrző Nonprofit Kft.
